À partir de la fin du VIIe siècle av. J.-C., Métaponte est devenue le siège de l'une des colonies grecques les plus importantes du sud de l'Italie. Le musée en question reconstruit le cadre archéologique du territoire métapontin, de la Préhistoire à la fin de l'Antiquité, en l'articulant en différentes sections qui racontent : les formes initiales du peuplement par les Œnotriens-Chones au cours de l'âge moyen du Bronze et de l'âge du Fer , l'arrivée des Grecs d'Achaïe (région du nord du Péloponnèse) à partir du VIIe siècle av. J.-C. , la création de la colonie avec l'occupation du territoire et le développement de la ville , le changement en cours dans les centres italiques de l'arrière-pays entre le VIe et le IVe siècle av. J.-C. et la période de la conquête romaine et de l'abandon progressif de Métaponte.