Le palais Schifanoia, siège du musée depuis 1898, abrite de nombreuses collections qui documentent l'histoire de Ferrare. Son origine remonte à la fin du XVIIIe siècle, lorsque le Musée public, la Bibliothèque et l'Académie de dessin ont été créés. À ce jour, les collections sont exposées en partie ou en rotation dans les salles du XVe siècle et dans l'aile du XIVe siècle du palais Schifanoia. La première section du musée, la collection lapidaire, fut constituée en 1735 au Palais Paradiso, mais ce fut l'achat, en 1758, du fonds numismatique Bellini qui sanctionna la formation du musée. Le médaillon, l'un des plus importants de la région, compte plus de 22 000 pièces , en plus du noyau de pièces italiennes, médiévales et modernes, il comprend également les sections grecque, romaine, punique, une collection de pièces de monnaie et de poinçons de la monnaie de Ferrare et des médailles réalisées par des artistes de la Renaissance de renom tels que Pisanello, Matteo dè Pasti et Sperandio da Mantova. Les collections archéologiques, enrichies au cours du XVIIIe siècle, étaient constituées de céramiques grecques, étrusques et romaines, de verres, de lampes à huile et de bronzes, ainsi que d'une collection égyptienne acquise au XIXe siècle. En outre, le cardinal Riminaldi fit don au musée du groupe de pierres précieuses gravées et du noyau principal de la collection de bronzes, contenant des sculptures de Giambologna et d'Algardi. La Bible commandée par Borso d'Este pour le monastère de San Cristoforo, enluminée par Guglielmo Giraldi, l'incunable Decretum Gratiani enluminé par des ouvriers de l'époque d'Hercule Ier et les plaques en ivoire avec des scènes de cour sont d'un grand intérêt. En 1935, la collection Pasetti de céramiques gravées a été acquise, tandis qu'après la Seconde Guerre mondiale, après la suppression des Œuvres Pies, un nombre considérable de meubles sacrés et de peintures de Ferrare des XVIe et XVIIe siècles, y compris des œuvres de Bononi, Zola et Scarsellino, sont arrivés au musée. Enfin, dans l'aile du XIVe siècle du palais, sont exposées des pièces extraordinaires telles que la Vierge à l'Enfant, une terre cuite polychrome de Domenico di Paris, le polyptyque en albâtre du sculpteur de Nottingham, et une partie du chœur en bois de Sant'Andrea, incrusté au XVe siècle par l'atelier des Lendinara.