Dès l'apparition de la Badia di Cava, au XIe siècle, il a fallu construire une bibliothèque pour garantir aux moines les livres nécessaires selon la Règle de Saint Benoît. À l'intérieur de l'abbaye, il y avait également un scriptorium, où l'on écrivait les livres nécessaires à l'instruction des moines de Cava et de ceux de tous les monastères dépendants. Parmi les codes, on peut citer : le n° 9 (XIIe XIIe siècle) Expositio in I Librum Regum, attribué depuis quelques années au moine Pietro di Cava , le n° 18 (XIIIe siècle) De septem sigillis , le n° 19 (XIIIe siècle) Kalendarium, Evangelia, Apocalypsis, Epistola I Ioannis, Regula S. Benedicti. Au XIVe siècle, la bibliothèque connut un essor considérable, grâce à l'ajout d'une Bible et d'un Speculum historiale de Vincent de Beauvais, ainsi que du matériel pour écrire et relier les volumes. Cependant, selon l'hypothèse avancée par Leone Mattei Cerasoli, beaucoup de ces livres ont été dispersés pendant la période de la commenda (1431-1497) soit par la volonté de certains cardinaux commendataires, soit en raison de la situation précaire qui empêchait de conserver autant de textes pour le petit nombre de moines survivants. Au contraire, les moines de Sainte-Justine se montrèrent dignes de la bibliothèque, en achetant pour elle de nombreux incunables à Venise. De même, l'abbé D. Vittorino Manso contribua, en premier, à séparer les livres imprimés des manuscrits et, pour préserver l'intégrité de la bibliothèque, il obtint en 1595 du pape Clément VIII une bulle qui interdisait de retirer les livres sous peine d'excommunication. L'action de l'abbé D. Filippo De Pace, dont le nom est imprimé dans d'innombrables volumes, n'a pas été moins importante. La bibliothèque a subi de graves dommages dans la nuit de Noël 1796, lorsqu'une quantité de terre et de pierres provenant de la carrière située au-dessus l'a totalement détruite, comme le rapporte une chronique. D'innombrables livres et quelques manuscrits furent ainsi perdus. Au XIXe siècle, la bibliothèque des moines bénédictins fut menacée non pas par des éléments naturels, mais par des éléments politiques : les suppressions des ordres religieux eurent lieu, en 1807, à la demande du roi de Naples, Joseph Bonaparte, et, en 1866, sur ordre du roi de Savoie, Victor-Emmanuel II. Le directeur de l'établissement, dans le premier cas, et le conservateur du monument national, dans le second, furent laissés avec la responsabilité de la bibliothèque, tandis que certains moines y restèrent en tant que gardiens. À partir de ce moment, la bibliothèque est devenue la propriété de l'État et, au fil du temps, les moines se sont prodigués dans sa gestion avec le même dévouement qu'ils ont toujours montré dans la conservation et l'augmentation du patrimoine de livres, en privilégiant des disciplines adaptées à une bibliothèque monastique, telles que la patristique, la théologie, le droit et l'histoire.