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En el corazón de los habitantes de Asís está la eterna «lucha» entre san Francisco y santa Clara. Dicha rivalidad radica en esta iglesia, que desde 1260 alberga el cuerpo de la santa. Consagrada en 1265, tiene algunas similitudes con la iglesia superior de San Francisco y parece «dialogar» a distancia con ella. Es característica su fachada de piedra caliza rosa y blanca originaria de Subasio, en la que destaca el elegantísimo rosetón con dos círculos de columnas y arcos y el óculo en el tímpano de coronación. Vigorosos, casi colosales, son los tres arbotantes que parecen querer equilibrar el empuje ejercido por las bóvedas. La única y amplia nave está repleta de valiosas obras de arte y todo el interior es una sucesión de frescos del siglo XVI. Aquí se conserva el crucifijo sobre tabla, de finales del siglo XII, del que se dice que le habría hablado a san Francisco en San Damián.
