Nel cuore degli abitanti di Assisi eterna è la 'lotta' tra San Francesco e Santa Chiara. Tale rivalità è tutta racchiusa in questa chiesa che dal 1260 custodisce il corpo della santa. Consacrata nel 1265, ha alcune somiglianze con la Chiesa superiore di S. Francesco e sembra 'dialogare' a distanza con essa. Caratteristica la facciata in calcare rosa e bianco del Subasio, nella quale spicca l'elegantissima rosa a due giri di colonnine e archetti e l'occhio nel timpano di coronamento. Vigorosi, quasi colossali, sono i tre archi rampanti che sembrano voler equilibrare la spinta esercitata dalle volte. L'unica e vasta navata è ricca di preziose opere d'arte e tutto l’interno è un susseguirsi di affreschi cinquecenteschi. Qui è conservato anche il Crocifisso su tavola, della fine del XII secolo, che si dice avrebbe parlato a San Francesco in S. Damiano.