Um dos locais mais famosos e visitados do sítio arqueológico é certamente o Museu Arqueológico Nacional de Aquileia, que é considerado um dos destinos mais apreciados para o turismo cultural na região de Friul-Veneza Júlia, declarado Património Mundial (UNESCO) em 1998. O Museu foi fundado a 3 de agosto de 1882 como "Museu Imperial-Regio do Estado" do governo austro-húngaro na sede da neoclássica Villa Cassis Faraone, com o patrocínio do Imperador Francisco José. Desde então, as coleções históricas da estrutura foram enriquecidas graças a doações e compras das famílias mais ilustres de Aquileia, integradas com os resultados de pesquisas arqueológicas realizadas a partir do século XIX. Em 2018, na sequência de uma importante remodelação realizada graças ao financiamento do Mibac no âmbito do Plano Estratégico "Grandes Projetos do Património Cultural", foi inaugurado um novo percurso expositivo que oferece aos visitantes a oportunidade de refazer a história de uma das cidades romanas mais importantes do norte de Itália. O espaço expositivo, anteriormente baseado na classificação tipológica dos artefactos, foi repensado, os materiais foram cuidadosamente selecionados e apresentados dentro dos seus contextos de utilização, a fim de proporcionar uma narrativa mais envolvente. A cidade romana de Aquileia está no centro da história: um grande porto mediterrânico onde diferentes pessoas, línguas, religiões e culturas se encontravam, oferecendo novas ideias numa área de grande importância estratégica, um ponto de ligação entre o Oriente e o Ocidente, entre o Mediterrâneo e as regiões do norte e do leste da Europa. O corpo principal do Museu alberga sete secções temáticas em três andares, onde são exibidas inscrições, esculturas, mosaicos de grande beleza e artefactos preciosos, juntamente com objetos de uso comum relevantes para a vida quotidiana, organizados e valorizados dentro de um percurso museológico agradável e inclusivo. Construídas em várias fases ao longo do século XX, as galerias lapidárias externas incluem uma rica coleção epigráfica de Aquileia e mosaicos preciosos.