L'un des lieux les plus célèbres et les plus visités du site archéologique est certainement le musée archéologique national d'Aquilée, qui est considéré comme l'une des destinations les plus appréciées pour le tourisme culturel de la région du Frioul-Vénétie julienne, déclarée patrimoine mondial de l'UNESCO en 1998. Le musée a été fondé le 3 août 1882 en tant que « Musée impérial et royal de l'État » du gouvernement austro-hongrois au siège de la villa néoclassique Cassis Pharaon, sous le patronage de l'empereur François-Joseph. Depuis lors, les collections historiques de la structure ont été enrichies grâce à des dons et des achats des familles les plus illustres d'Aquilée, intégrés aux résultats des recherches archéologiques menées à partir du XIXe siècle. En 2018, à la suite d'un important réaménagement réalisé grâce à un financement du Mibac dans le cadre du plan stratégique « Grands projets du patrimoine culturel », un nouveau parcours d'exposition a été inauguré, offrant aux visiteurs la possibilité de retracer l'histoire de l'une des villes romaines les plus importantes du nord de l'Italie. L'installation de l'exposition, qui était auparavant basée sur la classification typologique des pièces, a été repensée , les matériaux ont été soigneusement sélectionnés et présentés dans leur contexte d'utilisation, afin de fournir un récit plus engageant. La ville romaine d'Aquilée est au centre de l'histoire : un grand port méditerranéen où des personnes, des langues, des religions et des cultures différentes se rencontraient, offrant de nouvelles idées dans une zone d'une grande importance stratégique, point de connexion entre l'Orient et l'Occident, entre la Méditerranée et les régions du nord et de l'est de l'Europe. Le corps principal du musée abrite sept sections thématiques sur trois étages, où sont exposées des inscriptions, des sculptures, des mosaïques d'une grande beauté et des artefacts précieux, à côté d'objets d'usage courant relatifs à la vie quotidienne, organisés et mis en valeur dans le cadre d'un parcours muséal agréable et inclusif. Construites en plusieurs étapes au XXe siècle, les galeries lapidaires extérieures comprennent une riche collection épigraphique d'Aquilée et de précieuses mosaïques.