As origens da basílica remontam ao século V, quando a igreja era dedicada a São Pedro e Ravena era uma cidade capital, primeiro do Império Romano do Ocidente, depois dos reinos romano-bárbaros de Odoacro e Teodorico, mas desde então o edifício sofreu várias alterações radicais. Os franciscanos chegaram aqui oito séculos mais tarde, no mesmo período de tempo em que Dante nasceu em Florença. O poeta exilado tinha um grande apreço pela comunidade dos frades, de tal modo que um dos claustros do convento é hoje comummente designado por "claustro de Dante" e o Túmulo de Dante encontra-se praticamente ao seu lado no exterior.

A igreja propriamente dita tinha sido reconstruída no século X, remodelada no final do século XVIII, submetida a um restauro excessivo em 1921, bombardeada em 1944 e novamente reconstruída. A chamada urna de Libério no altar-mor, com os seus relevos provavelmente ainda mais antigos do que a igreja original, e a cripta por baixo, embora também ela restaurada, com as suas colunas e mosaicos do século X, sobreviveram. É possível contemplá-la através de uma janela porque, desde que há memória, está inundada.