Die Ursprünge der Basilika gehen auf das fünfte Jahrhundert zurück, als die Kirche dem Heiligen Petrus gewidmet war, und Ravenna war eine Hauptstadt – zuerst Hauptstadt des Weströmischen Reiches, dann der römisch-barbarischen Königreiche von Odoaker und Theoderich –, seitdem hat das Gebäude jedoch mehrere radikale Veränderungen erfahren. Die Franziskaner kamen acht Jahrhunderte später hierher, in der gleichen Epoche, in der Dante in Florenz geboren wurde. Dem Dichter im Exil lag die Gemeinschaft der Mönche sehr am Herzen, sodass einer der Kreuzgänge des Klosters heute allgemein als „Dantes Kreuzgang“ bezeichnet wird und das Grab von Dante praktisch daneben im Freien angeordnet ist.

Die Kirche selbst wurde im zehnten Jahrhundert wieder aufgebaut, Ende des achtzehnten Jahrhunderts umgebaut, 1921 zu stark restauriert, 1944 bombardiert und dementsprechend wieder aufgebaut. All dies haben die sogenannte Urne des Liberius am Hauptaltar mit ihren Reliefs, die wahrscheinlich noch älter sind als die ursprüngliche Kirche, und die darunter liegende, wenn auch restaurierte Krypta mit ihren Säulen und Mosaiken aus dem zehnten Jahrhundert überlebt, man sieht sie durch ein Fenster, weil sie seit Menschengedenken überflutet ist.