La création du Musée archéologique national de Florence, qui est l'un des plus anciens de notre pays, s'inscrit dans la tendance européenne de la naissance de musées en tant que structures étatiques liées à la formation des nations modernes. Dans le cadre d'un projet général de réorganisation des musées de la ville, dans le but de diviser les collections de la galerie des Offices, ce musée fut créé par un décret royal du 17 mars 1870 et ouvert au public le 12 mars 1871 dans le dénommé « Cénacle de Foligno », via Faenza, avec les collections du musée étrusque, qui comprenaient également les antiquités grecques et romaines des collections des Médicis et des Lorrains.
C'est ici même qu'en 1855, le Musée égyptien a été installé, le deuxième en Italie après celui de Turin, contenant des objets déjà présents depuis le XVIIIe siècle dans les collections des Médicis, mais considérablement augmenté grâce au travail du grand-duc de Toscane Léopold II, qui, en plus d'acquérir des collections privées, a financé, avec Charles X, roi de France, une expédition scientifique en Égypte, dirigée par Jean-François Champollion, déchiffreur des hiéroglyphes, et par Ippolito Rosellini, de Pise, entré dans l'histoire comme le père de l'égyptologie italienne. De nombreux objets collectés lors du voyage à travers des fouilles et des achats d'objets auprès de marchands locaux ont été divisés à parts égales entre le Louvre de Paris et Florence lors du voyage de retour.
Le musée archéologique a déménagé de son ancien siège de la Via Faenza au Palazzo della Crocetta en 1880, car les nouveaux locaux ne pouvaient plus accueillir la collection croissante. En outre, un couloir fut construit entre le Palais de la Crocetta et l'église de la Santissima Annunziata afin que la princesse, qui aurait été « fortement mal composée » et incapable de participer aux cérémonies religieuses en plein air, puisse le faire sans être vue.
Le musée égyptien de Florence a été réorganisé en 1880 par l'égyptologue piémontais Ernesto Schiaparelli. Il a été transféré à son siège actuel en 1883 et inauguré en présence des rois Umberto et Margherita de Savoie. Schiaparelli enrichit les collections florentines avec ses fouilles et ses achats effectués en Égypte avant de s'installer à Turin. Le dernier noyau de collections à s'ajouter au Musée égyptien de Florence sont les dons de particuliers et d'institutions scientifiques, dont les découvertes de l'Institut papyrologique florentin provenant des fouilles effectuées entre 1934 et 1939. Cette collection de tissus d'époque copte est l'une des plus riches et des plus importantes du monde.
Luigi Adriano Milani fut directeur du Musée archéologique de 1884 à 1907. Au cours de son mandat, il s'occupa de la nouvelle installation du musée, qui conserva le critère d'exposition typologique des collections anciennes. Il utilisa la méthode historiciste pour les découvertes des nouvelles fouilles, constituant les premiers noyaux du futur musée topographique. Il ne réalisa que partiellement le projet d'apporter au musée toutes les sculptures antiques conservées dans les jardins et les palais florentins. Entre 1890 et 1898, quelques-uns des grands bronzes étrusques, grecs et romains arrivèrent aux Offices, ainsi que de nombreux bronzes grecs et romains des collections des Médicis et des Lorraine.
Le 5 mai 1898, la section du Musée topographique de l'Étrurie fut inaugurée, contenant des découvertes sur l'histoire des Étrusques à travers des objets recueillis lors des fouilles. Le jardin historique, ouvert au public en 1902, abrite quelques tombes restaurées de la civilisation étrusque.
Après la mort de Milani, le processus de récupération s'est poursuivi avec Antonio Minto, qui a complètement rénové l'installation du Palais de la Crocetta, en restaurant le deuxième étage à des fins d'exposition. Il s'agissait d'accueillir une collection de tapisseries et de tissus anciens, ainsi que d'exposer diverses œuvres d'art, y compris les collections de céramiques grecques, étrusques et romaines, les terres cuites étrusques, la gipsothèque et la Regia Galleria de peinture étrusque, sur des reproductions réalisées par Gatti à partir de 1899.
Le Musée topographique ne comptait à l'origine que quelques salles. En 1942, le Palais des Innocents fut acheté et le musée fut agrandi à 52 salles. Cependant, les étages supérieurs du palais n'ont jamais été utilisés comme expositions de musée. Le manque d'espace a été un problème pour le musée depuis sa création et il a également souffert de l'indifférence de la ville.
L'inondation de 1966 a détruit le musée topographique et, par conséquent, plus de cent mille objets inestimables sont maintenant conservés dans les entrepôts. C'est pourquoi le musée ne peut offrir au public que des expositions temporaires limitées.
Aujourd'hui, au Musée archéologique national de Florence, vous pourrez admirer une grande partie des anciennes collections de céramiques, de bronzes et d'autres sculptures lithiques des Médicis et des Lorraines, dont le Monetiere, l'une des principales collections de pièces de monnaie et de pierres précieuses anciennes. En outre, le musée égyptien comprend une sélection de tissus coptes, qui font partie de la section topographique. Il y a de grands complexes funéraires étrusques provenant de tombes princières, le jardin monumental et une riche sélection de vases grecs trouvés dans des tombes étrusques (et pas seulement). Certains de ces vases, comme le vase François, sont célèbres dans le monde entier.