Le Musée municipal médiéval de Bologne est situé depuis 1985 dans le palais Ghisilardi-Fava. Les deux salles initiales racontent l'histoire du musée : la salle des « merveilles » de Ferdinando Cospi, aménagée en 1675 dans le palais public et la collection « expérimentale » du général Luigi Ferdinando Marsili, constituée dans le cadre de l'Institut des sciences (1714).

Entre 1742 et 1743, le palais Poggi devint le siège des deux noyaux, qui s'agrandirent grâce à la donation du pape Benoît XIV. Les œuvres exposées dans ces salles résultent de la sélection typologique de différentes collections : parmi les témoignages exotiques, il y a des œufs d'autruche, des noix de coco ornées de gravures et d'autres objets d'origine ou de goût oriental.

Le parcours du musée se poursuit ensuite avec le noyau médiéval et du début de la Renaissance, avec des œuvres liées à celles de la ville de Bologne, comme la « Statue de Boniface VIII », réalisée en 1301 par l'orfèvre Manno Bandini de Sienne, pour le Palais public, mais aussi le « S. Pietro Martire », réalisé par Giovanni di Balduccio et les sculptures provenant de la loggia de la Mercanzia.

On continue ensuite avec les monuments funéraires des docteurs, comme celui attribué à Jacopo Lanfrani et ceux réalisés par Pier Paolo delle Masegne et Andrea da Fiesole. Parmi les autres œuvres sculpturales, il y a la « Lastra Garganelli », attribuée à Francesco del Cossa.

Parmi les bronzes, on trouve le modèle de la « Fontaine de Neptune » de Giambologna, le « Buste de Grégoire XV » du Bernin et le « Saint Michel Archange » d'Alessandro Algardi. Parmi les ivoires, il y a un « Triptyque », appartenant à l'atelier des Embriachi et des spécimens de la Sierra Leone (XVe-XVIe siècles).

Pour démontrer la production florissante d'arts décoratifs, le musée présente également des spécimens de bijoux et de médailles, de verres, de tissus et d'armes, de la famille Bentivoglio et Marsili, tels que l'armure de tournoi de la famille Cospi (XVIe siècle). Depuis 1995, le parcours d'exposition présente également une importante collection de manuscrits enluminés de Bologne des XIIIe-XVIe siècles et une vaste collection de céramiques de 300 pièces, appartenant aux XIIIe-XIXe siècles.