El Museo de la Basílica de San Eustorgio recoge testimonios monumentales e históricos artísticos de gran importancia para la ciudad de Milán. Entre ellas, el Cementerio Paleocristiano, descubierto en 1959-1962 bajo la nave de la iglesia, es particularmente significativo. También destacan la Sala Capitular y la Sacristía Monumental, construida en 1565 y equipada con armarios de nogal elaborados por encargo de los hermanos Negroli a un tallador milanés. En los armarios se encuentran objetos litúrgicos y preciosos relicarios que documentan el afecto y la devoción de muchas familias milanesas por el convento dominico. Desgraciadamente, varios de estos objetos, citados en los archivos, se han perdido. La Sacristía conduce a la Capilla Portinari, notable ejemplo de arquitectura renacentista lombarda. El interior está adornado con el ciclo de frescos de Vincenzo Foppa, fechado entre 1462 y 1468, y el Arca de San Pedro Mártir, obra de Giovanni di Balduccio entre 1336 y 1339.
