Na sequência de um acontecimento milagroso que ocorreu em tempos remotos, cuja história exata se perdeu devido à falta de documentos, surgiu em Saronno o santuário mariano conhecido como Santuário da Virgem dos Milagres. A inscrição, gravada na porta que liga a igreja e o claustro, recorda a colocação da primeira pedra: a datação é incerta, mas acredita-se que tenha ocorrido em maio de 1498. Segundo uma tradição ainda não questionada, essa porta teria sido a entrada original do santuário. No início do século XVI, o edifício sagrado foi embelezado com estilos bramantescos e maneiristas graças a um projeto de planta central de Amadeo, criado por artesãos locais. Entre 1511 e 1516, o arquiteto Paolo della Porta ergueu o campanário. Bernardino Luini foi chamado em 1525 para pintar os frescos da capela principal e do antipresbitério, enquanto Gaudenzio Ferrari decorou, em 1534, as plumas e a cúpula inspiradas nas de Santa Maria em São Celso, em Milão. Vincenzo Seregni expandiu, entre 1556 e 1566, a planta original longitudinalmente. Por fim, Lelio Buzzi, supervisionado por Pellegrino Tibaldi, ergueu a fachada em 1596, na qual foram inseridas esculturas e estátuas, incluindo as de 1658, de Bussola e Bono para a coroação com a Virgem Maria e quatro anjos. Em 1822, numa altar de Canova colocado na praça em frente à igreja, foi colocada uma deposição em mármore de Pompeo Marchesi.