À la suite d'un événement miraculeux survenu dans des temps reculés, dont le récit exact a été perdu en raison du manque de documents, le sanctuaire marial connu sous le nom de sanctuaire Beata Vergine dei miracoli a été construit à Saronno. L'inscription, gravée sur la porte qui relie l'église et le cloître, rappelle la pose de la première pierre : la datation est incertaine, mais on pense qu'elle a eu lieu en mai 1498. Selon une tradition qui n'a pas encore été remise en question, cette porte aurait été l'entrée d'origine du sanctuaire. Au début du XVIe siècle, l'édifice sacré fut embelli par des éléments de style Bramante et maniériste grâce à un projet à plan centrale d'Amadeo, réalisé par des artisans de la région. Entre 1511 et 1516, l'architecte Paolo della Porta a érigé le clocher. Bernardino Luini fut appelé en 1525 pour peindre les fresques de la chapelle principale et de l'antichœur, tandis que Gaudenzio Ferrari s'occupa, en 1534, de décorer les pendentifs et la coupole inspirés de ceux de S. Maria à S. Celso à Milan. Vincenzo Seregni agrandit, entre 1556 et 1566, dans le sens longitudinal, l'installation d'origine. Enfin, Lelio Buzzi, supervisé par Pellegrino Tibaldi, éleva la façade en 1596, dans laquelle furent insérées des sculptures et des statues, dont celles, de 1658, de Bussola et Bono pour le couronnement avec la Vierge et quatre anges. En 1822, sur un autel de Canova placé sur la place en face de l'église, fut placée une déposition en marbre de Pompeo Marchesi.