En 1865, la fondation du musée est due à la figure du chanoine Giovanni Chelli, qui a commencé à exposer au public des objets anciens à l'intérieur de la bibliothèque qu'il avait ouverte. Cependant, en 1933, le révérend A. Cappelli inaugura le musée d'art sacré. En 1975, grâce à un accord entre la municipalité et le diocèse, les deux musées ont été réunis à leur siège actuel. Le musée a été fermé en 1992 pour des travaux de rénovation, mais il a été rouvert en mars 1999 sous un nouveau jour.