A torre, que ainda caracteriza o edifício, remonta ao período municipal, quando Pádua era uma cidade de água com um porto fluvial comercial, moinhos e intensa atividade comercial. Algumas escavações revelaram vestígios de povoações na área que remontam ao início do século VIII a.C. e de atividades produtivas ligadas principalmente ao processamento de cerâmica. Entre o final do século XII e o início do século XIII, a estrutura atual do palácio foi confirmada na forma da casa-torre, um edifício adequado para a defesa e perfeito para representar o censo da família proprietária.
Os membros da família Zabarella pertenciam ao poderoso e restrito círculo de relações construídas pelo Senhorio dos Da Carrara, que governaram Pádua no século XIV, e residiam em várias propriedades que adquiriram. Os Zabarella mantiveram a propriedade durante mais de quatro séculos, deixando o palácio substancialmente inalterado na sua articulação espacial, mas radicalmente transformado na fachada.
A estrutura da fachada neoclássica foi construída no início do século XIX pelo famoso arquiteto Daniele Danieletti. No século XIX, Giacomo Zabarella, o último descendente da família, mandou decorar o interior por Giuseppe Borsato, Giovanni Carlo Bevilacqua e Francesco Hayez.
O Palácio, sede da Fundação Bano, é um centro cultural privado dedicado ao estudo e promoção da cultura e da arte.