La tour, qui caractérise encore aujourd'hui le bâtiment, renvoie à la période communale, lorsque Padoue était une ville d'eau dotée d'un port fluvial commercial, de moulins et d'une intense activité commerciale. Certaines fouilles ont révélé des témoignages de colonies de peuplement dans la région datant du début du VIIIe siècle av. J.-C. et d'activités productives liées principalement à la fabrication de la céramique. Entre la fin du XIIe siècle et le début du XIIIe siècle, la structure actuelle du palais est confirmée sous la forme de la maison-tour, un bâtiment adapté à la défense et parfait pour représenter le recensement de la famille propriétaire.
Les membres de la famille Zabarella appartenaient au cercle puissant et restreint des relations construites par la Seigneurie des Da Carrara, qui gouvernèrent Padoue au XIVe siècle, et résidaient dans plusieurs propriétés immobilières qu'ils avaient achetées. Les Zabarella conservèrent la propriété pendant plus de quatre siècles, laissant le palais essentiellement inchangé dans son articulation spatiale, mais radicalement transformé dans sa façade.
La façade néoclassique a été réalisée au début du XIXe siècle par le célèbre architecte Daniele Danieletti. Au XIXe siècle, Giacomo Zabarella, dernier descendant de la famille, fit décorer l'intérieur par Giuseppe Borsato, Giovanni Carlo Bevilacqua et Francesco Hayez.
Le palais, siège de la Fondation Bano, est un centre culturel privé dédié à l'approfondissement et à la promotion de la culture et de l'art.