O batistério de São João Batista ergue-se ao lado da catedral e já do lado de fora chama a atenção com a sua forma cúbica contida coroada por um tambor cilíndrico. A maravilha está no interior, onde se desenrola um ciclo de frescos criados por Giusto de' Menabuoi, uma etapa proeminente da Urbs Picta (Cidade Pintada). Os clientes da obra foram os Carraresi, senhores de Pádua, que queriam transformar o antigo batistério num mausoléu familiar. Já na cidade, envolvido noutros estaleiros de prestígio, Giusto de' Menabuoi foi contratado pela família em 1375 e em três anos criou uma obra-prima. Nas paredes desenrolam-se uma centena de cenas com as Histórias do Génesis, do Apocalipse e de São João Batista de extraordinário realismo: Giusto soube explorar e valorizar a complexa estrutura arquitetónica do batistério, dando vida a efeitos de trompe l'oeil de grande impacto. O ponto culminante é a cúpula, na qual se destaca um Paraíso vertiginoso, com o Cristo Pantocrator no centro e 144 santos dispostos em cinco círculos concêntricos.