Le baptistère Saint-Jean-Baptiste se dresse à côté de la cathédrale et attire déjà l'attention de l'extérieur avec sa forme cubique contenue, surmontée d'un tambour cylindrique. La merveille se trouve à l'intérieur, où se déroule un cycle de fresques réalisées par Giusto de' Menabuoi, étape importante de l'Urbs Picta (ville peinte). Les maîtres d'ouvrage de l'œuvre étaient les Carraresi, seigneurs de Padoue, qui voulaient transformer l'ancien baptistère en mausolée familial. Déjà en ville, engagé dans d'autres chantiers prestigieux, Giusto de' Menabuoi fut chargé par la famille en 1375 et créa en trois ans un chef-d'œuvre. Sur les murs se déroulent une centaine de scènes avec les Histoires de la Genèse, de l'Apocalypse et de Saint-Jean-Baptiste d'un réalisme extraordinaire : Giusto a su exploiter et mettre en valeur la structure architecturale complexe du baptistère en créant des effets de trompe-l'œil d'un grand impact. Le point culminant est la coupole sur laquelle se détache un Paradis vertigineux, avec au centre le Christ Pantocrator et autour 144 saints disposés en cinq cercles concentriques.