O Museu Arqueológico Cívico de Milão não poderia ter uma sede mais coerente com a sua missão. De facto, alberga o seu património de artefactos romanos e medievais no complexo beneditino do Mosteiro Maior de São Maurício, que foi construído na época carolíngia na área do Circo Romano, recuperando algumas estruturas antigas. Destaca-se uma torre poligonal que pertenceu às muralhas de Maximiano e uma torre quadrada que pertenceu às prisões do circo, mais tarde transformada no campanário da igreja de São Maurício no Mosteiro Maior.
O museu, desenvolvido em vários níveis, estende-se hoje também ao edifício adjacente ao n.º 7 da Via Nirone, a que se acede por uma passarela no claustro interno. O percurso da visita atravessa diferentes culturas e épocas históricas. A secção romana, dedicada à história mais antiga de Milão (século V a.C. - século V d.C.), estende-se pelos dois claustros, no piso térreo e no piso inferior do Corso Magenta. De particular interesse é a reconstrução de uma domus do século I, visível no pátio interno do museu. Uma curiosidade é a secção de arte de Gandhara, que inclui cerca de trinta obras valiosas de temas budistas que remontam aos primeiros séculos depois de Cristo. O edifício da Via Nirone alberga numerosos artefactos provenientes da área do teatro romano de Cesareia Marítima (Israel), que remontam ao século I a.C., e que vieram à luz durante as escavações realizadas na década de 1960 pela Missão Arqueológica Italiana. No primeiro andar encontra-se a coleção medieval primitiva, que expõe objetos da tradição gótica e lombarda. No segundo andar, a secção etrusca apresenta esta civilização através de artefactos das escavações da Fundação Lerici em Cerveteri. Por fim, a secção grega apresenta uma seleção de artefactos da Grécia e da Magna Grécia. As coleções pré-históricas e proto-históricas do museu, juntamente com a egípcia, estão preservadas nas salas dos Visconti do Castelo Sforzesco.