Le Musée archéologique municipal de Milan ne pouvait pas avoir un siège plus cohérent avec sa mission. En effet, elle conserve son patrimoine de pièces romaines et médiévales dans le complexe bénédictin du monastère majeur de S. Maurizio, qui a été construit à l'époque carolingienne dans la zone du cirque romain en récupérant certaines structures anciennes. On distingue une tour polygonale qui appartenait aux murs maximiliens et une tour carrée qui appartenait aux carceres du cirque, puis transformée en clocher de l'église S. Maurizio al Monastero Maggiore.
Le musée, développé sur plusieurs niveaux, s'étend aujourd'hui également dans le bâtiment adjacent au n° 7 de la via Nirone, auquel on accède par une passerelle dans le cloître intérieur. Le parcours de visite traverse différentes cultures et époques historiques. La section romaine, consacrée à l'histoire la plus ancienne de Milan (Ve siècle av. J.-C. - Ve siècle apr. J.-C.), s'étend dans les deux cloîtres, au rez-de-chaussée et à l'étage inférieur de Corso Magenta. La reconstruction d'une domus du Ier siècle, visible dans la cour intérieure du musée, est particulièrement intéressante. Une curiosité est la section d'art du Gandhara, qui comprend une trentaine d'œuvres de valeur sur des sujets bouddhistes datant des premiers siècles après Jésus-Christ. Dans le bâtiment de la Via Nirone, de nombreuses découvertes provenant de la zone du théâtre romain de Césarée maritime (Israël), datant du Ier siècle av. J.-C., ont été exposées lors des fouilles menées dans les années 1960 par la Mission archéologique italienne. Au premier étage se trouve la collection du haut Moyen Âge, qui expose des objets de tradition gothique et lombarde. Au deuxième étage, la section étrusque présente cette civilisation à travers des découvertes provenant des fouilles de la Fondation Lerici à Cerveteri. Enfin, la section grecque présente une sélection de pièces provenant de Grèce et de la Grande Grèce. Les collections préhistorique et protohistorique du musée, ainsi que la collection égyptienne, sont conservées dans les salles Visconti du château des Sforza.