Localizado dentro dos limites do Palácio Municipal, o Museu Cívico de Nepi é um majestoso edifício que remonta ao Renascimento, projetado por Antonio da Sangallo, o Jovem. Em 1992, a instituição arqueológica "Superintendência Arqueológica para a Etrúria Meridional" colaborou com o Município de Nepi, organizando a exposição chamada "As Necrópoles de Nepi" dentro do salão nobre do Palácio Municipal. No final da exposição, alguns dos artefactos em exposição foram devolvidos aos depósitos do Estado, enquanto os outros, propriedade do Município, criaram a primeira instalação do Museu Cívico. Em 1995, a estrutura foi regularmente aberta ao público. Desde o início de 1998, a exposição foi transferida para as caves do Palácio Municipal, mudando também a disposição, à qual foram adicionados artefactos cuidadosamente restaurados. Atualmente, apenas duas salas podem ser visitadas, no entanto, uma nova estrutura está em construção que permitirá uma maior exposição de materiais que cobrem um arco cronológico que vai do século VII a.C. até ao período renascentista. A primeira sala contém as obras provenientes das necrópoles faliscas que rodeiam a povoação, que representam a secção mais importante da coleção. A maioria delas remonta ao período "Orientalizante" do século VII a.C., em particular da "Necrópole de Cerro". A segunda sala exibe objetos de várias épocas e caráteres. A secção romana consiste principalmente numa pequena secção numismática e fragmentos de mármore, a que se juntam algumas áreas funerárias e votivas, atualmente contidas no interior do Palácio Municipal, que em breve serão exibidas na nova sede do museu. Exceto em raras ocasiões, a origem exata dos artefactos não é conhecida, embora, em grande parte, possam ser rastreados até à cidade de Nepi. As peças mais recentes presentes na segunda sala remontam ao período de máximo esplendor de Nepi, ou seja, os séculos XV-XVI. Na sala, um par de brasões com as insígnias da família "Bórgia" combinadas com as de "Aragão" são retirados do "Forte dei Borgia". Estes ornamentos representam um testemunho precioso da época em que Lucrécia Bórgia foi investida pelo seu pai, Alexandre VI, do Ducado de Nepi (1499-1501) depois de se casar com Afonso de Aragão, Duque de Bisceglie.