Situé dans l'enceinte de l'hôtel de ville, le musée municipal de Nepi est un majestueux édifice datant de la Renaissance, conçu par Antonio da Sangallo le Jeune. En 1992, l'institution archéologique « Soprintendenza Archeologica per l'Etruria Meridionale » a collaboré avec la municipalité de Nepi, en organisant l'exposition intitulée « Le Necropoli di Nepi » à l'intérieur de la salle noble du palais municipal. À la fin de l'exposition, certains des artefacts exposés ont été renvoyés aux dépôts de l'État, tandis que les autres, appartenant à la municipalité, ont créé la première installation du musée municipal. En 1995, l'établissement a été régulièrement ouvert au public. Depuis le début de l'année 1998, l'exposition a été transférée dans les sous-sols de l'hôtel de ville, en changeant également l'aménagement, auquel ont été ajoutés des objets soigneusement restaurés. Actuellement, vous ne pouvez visiter que deux salles, mais une nouvelle structure est en cours de construction qui permettra d'exposer davantage de matériaux couvrant un arc chronologique allant du septième siècle av. J.-C. à la période de la Renaissance. La première salle contient les œuvres provenant des nécropoles falisques qui entourent la ville, qui représentent la section la plus importante de la collection. La plupart d'entre elles remontent à la période « orientalisante » du VIIe siècle avant J.-C., en particulier à la « Nécropole du Cerro ». La deuxième salle expose des objets d'époque et de caractère variés. La section romaine se compose principalement d'une petite section numismatique et de fragments de marbre, auxquels s'ajoutent quelques zones funéraires et votives, actuellement contenues à l'intérieur du Palais Municipal, qui seront bientôt exposées dans le nouveau siège du musée. Sauf en de rares occasions, l'origine exacte des découvertes n'est pas connue, même si, en grande partie, elles peuvent être attribuées à la ville de Nepi. Les pièces les plus récentes de la deuxième salle remontent à la période de la plus grande splendeur de Nepi, c'est-à-dire aux XVe et XVIe siècles. Dans la salle, deux armoiries portant les insignes de la famille Borgia, unies à celles des Aragon, sont tirées du « Forte dei Borgia ». Ces ornements représentent un précieux témoignage de l'époque où Lucrezia Borgia fut investie par son père, Alexandre VI, du duché de Nepi (1499-1501) après avoir épousé Alphonse d'Aragon, duc de Bisceglie.