A basílica da abadia de Santa Justina mudou de aparência muitas vezes desde o século V, época a que remonta a primeira versão desta igreja. No início, era apenas um pequeno oratório construído sobre uma necrópole, onde Santa Justina Mártir foi sepultada, numa área fora da cidade e ameaçada pelos pântanos da baixa região do Véneto. É difícil acreditar, dada a grandeza da atual basílica, com 122 metros de comprimento e coroada por 8 cúpulas, e a elegância arejada da praça que a introduz: Prato della Valle, um vasto espaço do final do século XVIII que inclui uma pequena ilha verde cercada por um canal e cerca de oitenta estátuas, dedicadas aos homens ilustres de Pádua e da sua Universidade.
A partir do século VIII, ao lado da basílica, tomou forma a abadia beneditina de Santa Justina, à qual a igreja ainda se refere, sede de uma importante biblioteca. Após o terramoto que atingiu o Véneto em 1117, a basílica foi reconstruída em estilo românico. Foi reconstruída novamente, entre 1532 e 1579, desta vez em formas monumentais renascentistas, mas com a fachada inacabada. Entre as obras-primas de arte que aí se encontram, destaca-se, no altar-mor, o retábulo do Martírio de Santa Justina , de Paolo Veronese (c. 1575). Os pontos fulcrais religiosos são a arca de São Lucas Evangelista (1316), a arca de São Matias Apóstolo e o sacelo de São Prósdocimo, um resíduo do primeiro complexo cristão primitivo, com uma iconóstase de mármore do século VI.
As relíquias de São Lucas e São Matias e a ligação com as figuras de Santa Justina e São Prósdocimo fazem desta basílica uma etapa fundamental na rota da Romea Strata, a rota de peregrinação que desce para Roma a partir do nordeste da Europa, atravessando Friul e Véneto. Entre os túmulos de tantos santos e beatos, o túmulo da veneziana Elena Lucrezia Cornaro Piscopia também merece uma paragem de veneração (laica): em 1678, foi a primeira mulher a formar-se.
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