O Museu da Basílica de Santo Eustórgio reúne testemunhos artísticos monumentais e históricos de grande importância para a cidade de Milão. Entre estes, o Cemitério Paleocristão, descoberto em 1959-1962 sob a nave da igreja, é particularmente significativo. Há também a Sala Capitolare e a Sacrestia Monumentale, construída em 1565 e equipada com armários de nogueira trabalhados por encomenda dos irmãos Negroli por um escultor milanês. Os armários contêm objetos litúrgicos e preciosos relicários que documentam o afeto e a devoção de muitas famílias milanesas pelo convento dominicano. Infelizmente, vários destes objetos, mencionados nos arquivos, perderam-se. A Sacristia leva à Capela Portinari, um notável exemplo da arquitetura renascentista lombarda. O interior é adornado com o ciclo de frescos de Vincenzo Foppa, datado entre 1462 e 1468, e a Arca de São Pedro Mártir, obra de Giovanni di Balduccio entre 1336 e 1339.