Le musée de la basilique Sant'Eustorgio rassemble des témoignages monumentaux et historiques artistiques d'une grande importance pour la ville de Milan. Parmi celles-ci, le cimetière paléochrétien, découvert en 1959-1962 sous la nef de l'église, est particulièrement significatif. Il y a aussi la salle capitulaire et la sacristie monumentale, construite en 1565 et équipée d'armoires en noyer travaillées sur commande des frères Negroli par un sculpteur milanais. Dans les armoires se trouvent des objets liturgiques et de précieux reliquaires qui documentent l'affection et la dévotion de nombreuses familles milanaises pour le couvent dominicain. Plusieurs de ces objets, mentionnés dans les archives, ont malheureusement été perdus. La sacristie mène à la chapelle Portinari, un exemple remarquable de l'architecture lombarde de la Renaissance. L'intérieur est orné du cycle de fresques de Vincenzo Foppa, daté entre 1462 et 1468, et de l'Arche de Saint-Pierre Martyr, œuvre de Giovanni di Balduccio entre 1336 et 1339.