El complejo eclesiástico de San Giovanni in Valle incluye la iglesia, el pórtico, el campanario y la rectoría. Fue construido en la segunda década del siglo XII para albergar a una comunidad de presbíteros, donde ya existía un núcleo religioso que se remonta a la época carolingia. La iglesia fue consagrada por el obispo Ognibene en 1164. El conjunto arquitectónico nos devuelve la imagen de una iglesia parroquial urbana de la Edad Media.
El edificio sagrado muestra una planta basilical de tres naves con ábsides semicirculares, dotada de un largo presbiterio elevado, al que corresponde, por debajo, el área de una cripta, que tal vez ya existía en la iglesia más antigua. Las naves están divididas por un sistema alterno de pilares y columnas. Estas últimas están coronadas por diferentes capiteles, derivados de la tipología corintia. El capitel con cabezas de carnero remite al mismo escultor que realizó en el exterior los del ábside de la derecha. Se observa cómo la obra, iniciada desde el ábside izquierdo con una pared de ladrillos alternados con guijarros, continuó en el ábside central y en el ábside derecho con una pared de bloques cuadrangulares. Ambas técnicas de mampostería son típicas de la cultura del románico veronés.
La iglesia sufrió un gran daño a causa de los bombardeos del 10 y 11 de octubre de 1944, cuando se desgarraron dos tramos, lo que hizo que también se derrumbara parte del techo de la cripta.
En la cripta se conserva un sarcófago de época paleocristiana con las reliquias de los santos Simón y Judas Tadeo. La cubierta con las figuras de los santos fue esculpida por Antonio da Mestre en 1395.