Le complexe ecclésial de Saint-Jean-en-Val comprend l’église, le portique, le clocher et la maison canoniale. Il fut édifié dans la seconde décennie du XIIᵉ siècle afin d’accueillir une communauté de prêtres, sur un site occupé dès l’époque carolingienne par un noyau religieux. L’église fut consacrée en 1164 par l’évêque Ognibene et offre aujourd’hui l’image emblématique d’une pieve urbaine médiévale.
L’édifice adopte un plan basilical à trois nefs, ponctuées d’absides semi-circulaires, avec un long presbytère surélevé correspondant, en contrebas, à une crypte, probablement héritée de l’église antérieure. Les nefs sont séparées par un dispositif alterné de piliers et de colonnes, surmontées de chapiteaux d’inspiration corinthienne. Le chapiteau orné de têtes de béliers est attribué au même sculpteur que celui des chapiteaux extérieurs de l’abside droite. L’analyse des maçonneries révèle différentes phases de construction : l’abside gauche présente un appareil alternant briques et galets, tandis que l’abside centrale et l’absidiole droite sont bâties en blocs quadrangulaires, deux techniques caractéristiques du roman véronais.
L’église subit de graves dommages lors des bombardements des 10 et 11 octobre 1944, qui détruisirent deux travées et provoquèrent l’effondrement partiel de la voûte de la crypte.
Dans cette dernière est conservé un sarcophage paléochrétien contenant les reliques des saints Simon et Jude Thaddée. Son couvercle sculpté, représentant les deux saints, fut réalisé en 1395 par Antonio da Mestre.