A ideia de fundar o Museu Gregoriano Egípcio no Vaticano foi do Papa Gregório XVI Cappellari. Corria o ano de 1839, mas desde o início do seu pontificado (1831) Gregório tinha ordenado a compra de todas as obras egípcias presentes em Roma, nas grandes coleções e no mercado de antiguidades, atribuindo também fundos pessoais. Naquela época, de facto, possuir múmias, sarcófagos e papiros era um símbolo de estatuto e toda a Europa estava presa a uma verdadeira mania pela civilização dos faraós, tão exótica e misteriosa. A moda e as artes aplicadas também retomavam frequentemente sugestões egípcias. É por isso que os espaços do Museu Gregoriano Egípcio foram modelados e pintados com frescos em estilo egípcio: algumas das 9 salas do museu, esculpidas no antigo apartamento de Pio IV no Belvedere e numa parte do palácio de Inocêncio VIII, mantiveram testemunhos dessa instalação "de atmosfera", talvez pouco rigorosa, mas realmente fascinante.
Ao visitar o museu, descobre-se que a "moda egípcia" já tinha invadido a Roma antiga, após a conquista do reino de Cleópatra (30 a.C.) e ainda mais no século II d.C., na época do imperador Adriano. Juntamente com os objetos encontrados no Egito durante as escavações arqueológicas do século XIX, o Museu Gregoriano Egípcio apresenta obras de arte e mobiliário que foram importados para a Roma antiga por imperadores e aristocratas, mas também obras de estilo egípcio produzidas em solo italiano para embelezar templos e moradias. Verdadeiras obras-primas são as esculturas provenientes do Canopo da Villa Adriana de Tivoli e as encontradas no século XVIII nos Horti Sallustiani, como a estátua colossal da rainha Tuya, trazida para Roma por Calígula. Outras obras documentam o impacto que os romanos tiveram no desenvolvimento posterior da arte egípcia: é o caso de alguns tecidos funerários pintados, objetos raríssimos, como o da Dama dos Museus do Vaticano (século III d.C.) encontrado em Antinópolis. As últimas salas do museu documentam outras civilizações antigas do Médio Oriente.