L'idée de fonder le Musée grégorien égyptien au Vatican est venue du pape Grégoire XVI Cappellari. C'était en 1839, mais dès le début de son pontificat (1831), Grégoire avait ordonné l'achat de toutes les œuvres égyptiennes présentes à Rome, dans les grandes collections et sur le marché des antiquités, en allouant également des fonds personnels. À cette époque, en effet, posséder des momies, des sarcophages et des papyrus était un symbole de statut et toute l'Europe était en proie à une véritable manie pour la civilisation des pharaons, si exotique et mystérieuse. La mode et les arts appliqués reprenaient souvent des suggestions égyptiennes. C'est pourquoi les espaces du Musée grégorien égyptien ont été modelés et décorés de fresques de style égyptien: certaines des 9 salles du musée, aménagées dans l'ancien appartement de Pie IV au Belvédère et dans une partie du palais d'Innocent VIII, ont conservé des témoignages de cette installation « d'atmosphère », peut-être peu rigoureuse mais vraiment fascinante.
En visitant le musée, on découvre que la « mode égyptienne » avait déjà investi la Rome antique, après la conquête du royaume de Cléopâtre (30 av. J.-C.) et encore plus au IIe siècle apr. J.-C., à l'époque de l'empereur Hadrien. À côté des objets découverts en Égypte lors des fouilles archéologiques du XIXe siècle, le Musée grégorien égyptien présente en effet des œuvres d'art et des meubles qui ont été importés dans la Rome antique par des empereurs et des aristocrates, mais aussi des œuvres de style égyptien produites sur le sol italien pour embellir les temples et les villas. Les sculptures provenant du Canopus de la villa Adriana de Tivoli et celles trouvées au XVIIIe siècle dans les Horti Sallustiani, comme la statue colossale de la reine Tuya, apportées à Rome par Caligula, sont de véritables chefs-d'œuvre. D'autres œuvres documentent l'impact des Romains sur le développement ultérieur de l'art égyptien : c'est le cas de certaines toiles funéraires peintes, des objets très rares, comme celui de la Dame des Musées du Vatican (IIIe siècle apr. J.-C.) trouvé à Antinopoli. Les dernières salles du musée documentent d'autres civilisations anciennes du Moyen-Orient.