A última nascida entre as secções dos Museus do Vaticano é a Coleção de Arte Moderna e Contemporânea. Inaugurada em 1973, ocupa os espaços monumentais do apartamento Bórgia, situado por baixo das salas de Rafael.

A coleção nasceu por vontade de Paulo VI Montini, que na década de 1960 se comprometeu a aproximar a Igreja do mundo da arte: foi ele quem lançou a proposta de constituir uma coleção vaticana de obras contemporâneas com um tema cristão, ou em qualquer caso, uma expressão de fé e testemunho de uma profunda busca espiritual. Colecionadores e mecenas, instituições culturais e muitos artistas aceitaram o convite e doaram pinturas, esculturas e obras gráficas, muitas vezes de considerável valor, que vão desde o final do século XIX até à segunda metade do século XX. Hoje, são cerca de 8000 as obras que constituem o património desta secção do museu, ampliada até ao início do século XXI, por razões óbvias de espaço e conservação, apenas uma pequena parte pode ser exibida permanentemente. Destacam-se as obras de Paul Matisse que documentam o projeto da capela de São Paulo de Vence e as de Giacomo Manzù para a Capela da Paz, encomendada pelo Monsenhor Giuseppe De Luca, mas também obras de Marc Chagall e grandes autores internacionais talvez menos esperados neste contexto, como Vincent van Gogh, Salvador Dalí, Otto Dix, Paul Klee e Lucio Fontana.