A vila foi construída na segunda metade do século XVI segundo um projeto de Pellegrino Tibaldi (o arquiteto, aliás, a quem se deve o interior da Catedral de Milão) para a então poderosa família Gallio de Como. Era originalmente conhecida como Villa del Garrovo, devido a um riacho onde se situava, mas em 1815 foi adquirida por Carolina de Brunswick, antiga esposa do futuro rei Jorge IV de Inglaterra, que a rebatizou como Villa d'Este em honra de um antepassado italiano distante. Entre 1816 e 1820, Carolina reuniu à sua volta uma corte cosmopolita e divertida, aumentando assim a fama do local à escala internacional.
Em meados do século XIX, a Villa d'Este foi vendida à família Ciani, que já em 1873 a transformou no atual hotel de luxo e centro de conferências. O grande hotel é bem conhecido na imprensa internacional, mesmo no mundo dos negócios, devido ao Fórum de Cernobbio que se realiza todos os anos no início de setembro.
Existe um jardim de estilo italiano, situado junto a uma avenida de ciprestes. As suas características ornamentais incluem uma série de torres, fortalezas e cascatas em miniatura, dispostas geometricamente e alternadas, terminando num ninfeu.
Por terra, o acesso a Villa d'Este faz-se logo a seguir à aldeia de Cernobbio, ao longo da Strada Regina.