Foi o próprio Papa Júlio II, em 1509, que concedeu à Universidade dos Ourives e dos Prateiros a possibilidade de se estabelecerem nas imediações da Via Giulia, no bairro mais novo e cobiçado de Roma naquela época. O pontífice também lhe deu permissão para construir uma igreja ao lado da sua sede, perto da margem esquerda do Tibre. A Universidade não é mais do que a associação que reúne os joalheiros romanos: acaba de se separar da associação dos ferreiros e não olha a despesas para conquistar o favor papal e celebrar a independência alcançada. Decide dar à igreja o nome do seu santo padroeiro, o ourives medieval Santo Eligio de Noyon, e confia o projeto ao grande Rafael. Este escolheu uma planta em cruz grega com um desenvolvimento arquitetónico sóbrio e racional, claramente inspirado nos edifícios de planta central de Bramante, o arquiteto a quem se deve o projeto urbanístico de toda a Via Giulia. A construção da igreja começou em 1509. Após a morte de Rafael (1520), passou a ser orientado por Baldassarre Peruzzi, talvez o arquiteto que mais do que qualquer outro teve a oportunidade de conhecer de perto o estilo e a personalidade do Urbino. Com toda a probabilidade, em 1526 foi Peruzzi quem construiu a cúpula hemisférica que encimava o edifício, apoiada num tambor circular e coroada por uma elegante lanterna. Os frescos que adornam o interior da igreja, também de alta qualidade, datam de cerca de 1575 e são devidos a Matteo da Lecce (no século Matteo Pérez) e Taddeo Zuccari, dois pintores maneiristas também ativos no oratório vizinho de Gonfalone. No entanto, as cheias do Tibre danificaram rapidamente a igreja, causando um colapso parcial e tornando a própria fachada irrecuperável. A reconstrução foi realizada, por volta de 1620, pelo arquiteto milanês Flaminio Ponzio.
Ainda hoje, a igreja de Santo Eligio pertence ao Nobre Colégio de Joalheiros, Ourives e Prateiros da Alma da cidade de Roma, que está sediado no edifício adjacente (Via S. Eligio n.º 7) e que organiza as aberturas e gere as visitas.