Villa Beatrice, intitolata alla Beata Beatrice II d’Este (1226 circa-1262), è un edificio che si erge su un sito, un tempo occupato da un piccolo cenobio abitato da eremiti. La Beata discendeva dalla nobile casata degli Estensi, signori di Este e di parte del territorio padovano prima di trasferirsi a Ferrara. Beatrice entrò in convento al piccolo monastero di Santa Margherita di Salarola tra Monte Cero e Monte Castello e, dopo un anno e mezzo, si spostò a Gemola dove visse insieme alle sue compagne fino alla morte. La sua fama di santità si diffuse rapidamente nella regione e il monastero ricevette numerose offerte e lasciti. Nel 1576 le religiose vennero trasferite a Padova e le spoglie di Beatrice traslate nella Chiesa di Santa Sofia. Intorno al 1657, il convento venne acquistato da un mercante veneziano che lo trasformò in villa. Successivamente, l’area cimiteriale fu modificata a causa della costruzione della barchessa (edificio rurale di servizio, tipico dell’architettura della villa veneta). Negli anni Settanta e Ottanta, il monumento venne restaurato grazie alle ricerche condotte da Enti Pubblici, che hanno permesso di intravedere, all’interno della villa, alcuni elementi riconducibili all’antico monastero. Oggi alcuni locali del pianterreno sono adibiti a Museo naturalistico che presta particolare attenzione alla flora e alla fauna del territorio dei Colli e della pianura circostante.