Le musée de Saint-François, situé dans l'église du même nom, rassemble des peintures, des sculptures et des objets liturgiques, présentant une synthèse des témoignages historiques et artistiques produits par le christianisme local au fil des ans. Le musée conserve de nombreuses toiles, parmi lesquelles se distinguent, de Giorgio Picchi, « Martirio di S. Caterina » de 1582/84 et « Circoncisione di Gesù » de 1586, avec une influence évidente de Federico Barocci. Les deux médaillons représentant Ottaviano Ubaldini della Carda et Frédéric III de Montefeltro sont de Domenico Rosselli et Francesco di Giorgio Martini, et proviennent du portique qui était adossé à l'église. La salle du musée Vero Baldeschi, qui abritait autrefois les cellules des frères, est dédiée à l'un des promoteurs les plus actifs du patrimoine culturel de la ville. Il convient également de noter le vitrail de Saint-François, une œuvre du XIVe siècle et la seule originale de l'église. Ce ne sont là que quelques-unes des œuvres conservées au musée de Saint-François, mais il existe également une section archéologique avec une collection de céramiques et de terres cuites étrusques et d'autres peuples italiques.